但同一年度合併適用兩項抵減，合計得抵減總額不得超過當年度應納營所稅額50％。財政部透露，最近有不少營利事業詢問同一年度合併適用智慧機械投資抵減及研發投資抵減時，應如何計算抵減稅額上限。
財政部表示，依據產創條例規定，公司或是有限合夥事業於同一年度合併適用智慧機械，或是第五代行動通訊系統投資抵減，以及其他投資抵減時，當年度合計得抵減總額，以不超過當年度應納營利事業所得稅額50％爲上限。
例如，甲公司應納營利事業所得稅額爲新臺幣90萬元，其中適用研發投資抵減的投資支出300萬元，擇定支出金額15％限度內抵減當年度營利事業所得稅額，可抵減稅額45萬元。但該可抵減稅額已超過抵減上限27萬元（應納稅額90萬元的30％），因此適用研究發展的投資抵減稅額爲27萬元。
甲公司另有適用投資智慧機械或第五代行動通訊系統投資支出600萬元，擇定支出金額5％限度內，抵減當年度營利事業所得稅額，可抵減稅額30萬元。
但因可抵減稅額也超過抵減上限27萬元，所以可適用智慧機械的投資抵減稅額，因而也是27萬元。
合併兩種抵減後，甲公司當年度合併適用投資抵減稅額爲54萬元，已超過當年度抵減總額上限45萬元（應納稅額90萬元的50％），所以甲公司當年度投資抵減稅額總額爲45萬元。